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Regular Oligonucleotide

  • 코스모진텍은 오랜 기간 축적된 기술적 노하우와 최신 합성장비를 이용하여
    최고 품질의 oligonucleotide를 생산합니다.
  • Oligo synthesis 4단계 공정을 한 cycle로하여 1 mer씩 3'말단에서 5'말단까지 순차적으로 합성이 진행됩니다.
    Deblocking ▶ Coupling ▶ Capping ▶ Oxidation
    OPC 정제 Reverse-phase chromatography resin이 충진된 OPC (Oligonucleotide Purification Cartridge) 컬럼을 이용한 정제방식으로 합성이 완료된 후 불완전한 oligo ( n-1,n-2…mer) 및 합성과정에서 생성된 각종 불순물을 제거하는 정제 과정입니다. 모든 oligo 주문에 무료로 적용되는 기본정제입니다.
    PAGE 정제 50 mer 이상의 긴 oligo 합성시 고순도 oligo를 필요로 할 때 PAGE정제를 시행합니다.OPC 정제 산물을 PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis)로 전개하여 주밴드만 분리하는 정제법으로 90% 이상의 고순도 oligo를 확보할 수 있습니다. 정제 과정에서 손실이 많아 최종 수득량이 다소 적을 수 있습니다.
    RP-HPLC 정제 50 mer 이하의 oligo 합성시 고순도 oligo를 필요로 할 때 RP-HPLC (Reverse-phase HPLC) 정제를 시행합니다. RP 컬럼상에서 정상적인 oligo와 불완전한 oligo 간 친유성 (lipophilicity) 차이로 분리정제하는 방법으로, 90% 이상의 고순도 oligo를 확보할 수 있습니다. 정제 과정상의 손실로 최종 수득량이 다소 적을 수 있습니다.
    Quality Control

    PAGE Q/C

    모든 oligo는 polyacrylamide gel electrophoresis를 통하여 품질 관리를 수행하고 있습니다.
    Size, multi-band 유무 및 smearing 등의 상태를 확인하고 재합성 여부를 판단합니다.

    MALDI-TOF mass spectrometry Q/C

    MALDI-TOF/MS분석은 50 mer 이하의 oligo sample에 한하여 측정하고 있습니다.
    이론분자량과 측정분자량 차 및 multi-peak 유무로 재합성 여부를 판단합니다.

Modification

  • 코스모진텍이 Oligo 합성 부분의 글로벌 선도기업인 IDT®(Integrated DNA Technologies)와 함께 합니다.
    이제 업그레이드된 고품질의 Long Oligo 합성 서비스를 이용하세요.
  • Integrated DNA Technologies, Inc.(IDT)는 생명 공학, 임상 진단 및 의약품 개발 분야에 Oligo합성 서비스를 제공하는 세계 최대의 Custom Nucleic Acids 공급 업체로 연구용 Custom DNA 및 RNA Oligonucleotide를 제공하고 있습니다.
    • - High Quality Modified Oligo를 제공해 드리며, 요청시 MASS QC data 제공 가능합니다.
    • - 100 nmole 이하, 1 µmole 이상의 합성은 문의 바랍니다.
    • - HPLC / PAGE 정제비용은 별도 입니다.
  • 5' Modified
  • Internal
  • 3'Modified
TYPE Modification Name RNA
합성가능
Mini Probe Eco Probe 100 nmole
\ 830/mer
10 - 90 mer
250 nmole
\ 1,400/mer
5 - 100 mer
1 μmole
\ 2,400/mer
5 - 100 mer
HPLC
정제필수
PAGE
가능
4 nmole 20 nmole PAGE

Dual labeled DNA Probe for qPCR

일반 assay에 사용되는 dual labeled probes는 target sequence에 hybridization된 후 nuclease degradation에 의해 reporter 형광이 quencher로부터 분리되어 그 빛을 내도록 고안된 probe입니다. 대부분의 dual-labeled probe는 real-time PCR assay, endpoint hybridization assay, 또는 DNase와 RNase의 detection을 위한 substrate로써 혹은 DNA 구조에서 protein-induced change 측정 assay에서 사용됩니다. 전형적인 reporter와 quencher의 거리는 약 12-45 bases가 적절합니다.

ZEN™ Dual quenched Probes

    • FAM reporter probe의 경우 ZEN™ quencher가 중간에 삽입되어 3'의 lowaBlackFQ quencher와 함께 double quenching 효과를 극대화하여 background를 최대한 낮추고 signal을 증가시키게 됩니다.

Ultramer® Oligonucleotides (45 ~ 200bases)

  • 코스모진텍이 Oligo 합성 부분의 글로벌 선도기업인 IDT®(Integrated DNA Technologies)와 함께 합니다.
    이제 업그레이드된 고품질의 Long Oligo 합성 서비스를 이용하세요.
    • - Coupling Efficiency이 99.5% 이상인 최고 품질의 Oligonucleotides
    • - IDT의 일반올리고 및 경쟁사의 제품보다 월등히 긴 서열(최대 200 bases)까지 합성 가능 (Figure 1)
    • - Cloning, ddRNAi(shRNA)와 Gene Construction 등의 까다로운 용도에 적합
    • - Modification, Normalization 및 PAGE정제 옵션 선택 가능
    • - Deprotection과 Desalting 과정을 거쳐 공급
    • - 100% QC Data 무료 제공(Electrospray Ionization (ESI) 질량분석)
Figure 1. Full-Length Product Synthesized under Varying Average Coupling Efficiencies
    • Oligo 합성시 요청한 Full-Length Product로 합성되는 비율
    • - 고품질의 Long Oligo 합성의 Purity는 Coupling Efficiency에 의해 결정됨
    • - 평균 Coupling Efficiency이 99.5%이상으로 향상
    • - 99.5% Coupling Efficiency일 경우 50 mer Oligo 기준으로 약 78%가 Full-Length, 나머지 22%는 Deletion 또는 Mutant와 같은 불순물
    • - 염기서열에 따른 Oligo의 순도가 다른 Oligo에 비해 높음
    • - 일반적으로 50 ~ 120 mer의 Oligo를 가장 많이 사용 (회색영역) (50% 이상의 Purity로 Standard Desalting만으로도 문제 없이 사용가능)

Delivered in Tube

  • Product 정제 방법 보장량 가격 (vat 별도)
    4 nmole Ultramer® DNA Oligo (45 ~ 200 bases) Standard Desalt 4 nmole 1,120원 / base
    20 nmole Ultramer® DNA Oligo (45 ~ 200 bases) Standard Desalt 20 nmole 2,240원 / base
    PAGE - Purified Ultramer® DNA Oligo (60 ~ 200 bases) PAGE 정제 Inquire 1,120원 / base
    (정제비용 130,000원 추가)
  • * 45에서 200 bases까지 합성 / 단, PAGE Ultramer®는 60 ~ 200 bases까지 합성
    * 4 또는 20 nmole로 Normalization되서 Lyophilized 상태로 배송
    * Gene Construction, Cloning, shRNA 합성에 적합
    * Standard Desalting Ultramer®의 배송은 영업일 기준 약 7 ~ 8일 정도 소요되며, PAGE-purified Ultramer®는 9 ~ 10일 정도 소요

보증 수량

  • 정제 방법 합성 스케일 염기수
    ~10 mer 11 ~ 19 mer 20 ~ 50 mer 51 ~ 70 mer 71 ~ 90 mer 비고
    OPC 정제 0.05 umol 1 OD 2 OD 3 OD 4 OD 5 OD
    0.2 umol 3 OD 6 OD 15 OD 17 OD 20 OD
    1.0 umol 10 OD 20 OD 30 OD 35 OD 40 OD
    PAGE 정제 0.05 umol - - 2 OD 4 OD 6 OD 18~90 mer까지 정제가능
    0.2 umol - - 4 OD 6 OD 8 OD
    1.0 umol - - 8 OD 16 OD 20 OD
    HPLC 정제 0.05 umol - - 2 OD - - 18~50 mer까지 정제가능
    0.2 umol - - 4 OD - -
    1.0 umol - - 8 OD - -
  • * 합성 스케일은 합성시 starting yield를 의미하는 것으로 합성수율 및 정제과정상의 손실로 최종 수득율과 차이가 있을 수 있습니다.
    * 이 이상의 스케일은 당사로 문의 바랍니다.

정제보고서 / 튜브라벨 기재 정보

정제보고서와 튜브라벨에는 주문하신 oligo에 대한 정보들이 기재되어 있습니다.
각 항목의 상세한 설명을 참고하시기 바랍니다.

Purification 정제방법 : OPC, PAGE, HPLC
mer 합성 DNA길이
MW 당사에서 계산한 이론 분자량. Maldi-Tof 질량분석시 기준값
ABS 50배 희석한 260 nm 흡광도 실측치
OD Optical Density : Oligo를 1 ml에 녹였을 때 260 nm 흡광도. OD = ABS값 X 50
Amount/Tw Oligo total 그램량 (㎍)
Total nmole/Tmol Oligo total 몰수 (nmole)
TE 100 uM로 만들기 위해 필요한 버퍼량
Tm Oligo melting temperature.

가격표

합성 스케일 0.05 µmole 0.2 µmole 1.0 µmole
합성 염기수 ~ 90 mer ~ 90 mer ~ 90 mer
가격 / base 1 day ₩500 ₩1,000 ₩2,000
Next week ₩300 ₩800 ₩1,800
OPC 정제 무료
PAGE 정제 ₩25,000 ₩25,000 ₩35,000
HPLC 정제 ₩30,000 ₩30,000 ₩40,000

* 택배 발송이 필요한 지역의 경우 3건 이하는 택배요금 4,000원이 부과됩니다.
** 50 mer 이상의 oligo 합성의 경우 PAGE 정제를 권장합니다.

납품일정

주문접수 마감

  • 월요일~금요일 홈페이지 1차접수 2차접수 3차접수
    전일 오후 11시
    ~ 당일 오전 11시 50분
    오전 11시 50분
    ~ 오후 5시
    오후 5시
    ~ 오후 11시
    토요일 월요일 1차 일괄접수
    일요일/공휴일 월요일 1차 일괄접수 or 익일 영업일 1차 접수

* FAX 접수는 받지 않습니다.
* PAGE/HPLC 정제는 1~2일 추가 소요됩니다.

배송

  • 택배 납품지역 1차/2차 접수 건 3차 접수
    접수 +1일 후 발송
    발송 후 1~2일 이내 수령가능 (제주 및 도서, 산간 지역 제외)
    영업사원 배송지역 1차/2차 접수 건 3차 접수
    접수 +1일 후 발송 +2일 후 발송
    서울 일부, 경기. 인천, 대전, 부산, 포항, 진주, 대구 지역의 경우
    1차 접수 건 - 접수 +1일 후 배송
    2차/3차 접수 건 - 접수 +2일 후 배송

* 토,일,공휴일은 물품 발송 업무가 진행되지 않습니다.

FAQ

  • 기본적으로 모든 주문건에 대해서 Polyacrylamide gel electrophoresis로 품질관리를 실시하고 있습니다.
    50 mer 이하의 제품에 대해서는 MALDI-TOF/MS에 의한 질량 분석을 실시하고 있습니다.
  • Oligonucleotide는 일반적으로 건조된 상태로 공급됩니다. 이것은 운송과정에서 노출될 수 있는 여러가지 환경적 요인으로 인한 oligo의 변성을 방지하기 위함입니다. 건조된 oligo는 때때로 용기 개봉 과정에서 손실될 수 있으니 잠시 원심분리한 후 개봉하시기 바랍니다. 특히 latex 장갑 등 정전기를 일으키는 착용물을 끼고 뚜껑을 개봉하면 건조된 oligo powder가 손실될 위험성이 높으니 특히 주의를 요합니다. Oligo 제품을 수령하신 후 용기에 기재된 양의 TE buffer (10 mM Tri-HCl pH8.0, 1 mM EDTA) 또는 멸균증류수에 녹여 100 uM stock 상태로 -20℃이하에 보관하시고, 사용시 적정 농도로 희석하여 사용하시기를 권장합니다. 수용액 상태에서 oligo는 멸균증류수보다 TE buffer가 안정하기는 하나 경우에 따라서 TE buffer 조성이 반응에 영향을 미칠 수 있으니 주의바랍니다. 수용액 상태의 Oligo를 반복적으로 동결/해동할 경우 변성될 위험성이 있으니 소량 분주하여 사용하시기를 권장합니다.
  • 당사에서는 99 mer까지를 합성 한계로 정하고 있습니다. 그 이상의 길이를 의뢰하실 경우는 당사에 문의해 주시기 바랍니다.
  • Oligo 합성에 사용되는 Column내 CPG (controlled pore glass)의 양에 따라 합성되는 oligo의 합성수율은 달라집니다. 예를 들어 0.05 µmole 스케일로 주문 하실 경우, 3'base가 최소 0.05 µmole 이상 coupling 될 수 있는 양의 CPG가 충진된 column을 사용합니다. 이후 합성과정에서 매 cycle 다음 염기가 coupling 되지 못한 0~2%를 배제시키는 capping 과정에서 손실이 발생하고, 그 다음 정제공정상에서도 손실이 발생합니다. 따라서 0.05 µmole 스케일이란 합성 시 시작량을 의미하기 때문에 최종 양과 차이가 있을 수 있습니다. 또한 0.2 µmole 스케일 주문시 0.05 µmole 스케일로 주문하셨을 때와 최종 양이 반드시 비례 증가되진 않습니다.
  • Oligo size, coupling efficiency, base composition, 정제방법 등으로 인해 합성 수율은 달라집니다.
  • 동일한 oligo를 합성한다해도 합성과정과 정제과정에서의 여러 가지 요인들로 인해 oligo의 합성 수율은 차이가 나게 됩니다.
  • Oligo의 50%가 그 상보서열에 결합해 있을 때의 온도를 의미하며, 이는 절대값이 아니고 농도 및 수용액상의 salt 농도 등에 따라 달라집니다.
  • Tm 값의 계산식은 여러 가지 종류가 있어 채용하는 계산식에 따라 값이 다릅니다. 간혹 고객님께서 사용하시는 계산식 program에 따라 당사의 계산과 다른 결과가 나오기도 합니다. 당사에서 사용하는 Tm calculator는 일반적으로 염기 개수에 일정 값을 곱하는 단순 계산식이 아닌, 염기 조성뿐만아니라 배열 순서에 따라 Tm 값이 달라지는 점을 고려하여 다음 계산식을 채택하고 있습니다. Tm 값은 이론적으로 계산된 값이기 때문에 실제 실험결과와 일치하지는 않습니다. 따라서 PCR 등에 oligo 사용시 실험적으로 최적 온도 적정이 필요합니다.
    * 17 mer 이하 :

    4×(G+C+R/2+Y/2+M/2+S+K/2+D/3+H/3+2B/3+2V/3+N/2)+2×
    (A+T+R/2+Y/2+M/2+W+K/2+2D/3+2H/3+B/3+V/3+N/2+I+U)

    * 18 mer 이상 :

    60.8+41×{(G+C+R/2+Y/2+M/2+S+K/2+D/3+H/3+2B/3+2V/3+N/2)/염기수}-(500/염기수)

    * Salt 농도 조건

    0.0567(M)=0.05(KCl 농도)+0.01×0.67(Tris 농도)

    50 mM KCl농도

    10 mM Tris-HCl 농도(pH8.4-9.0 at 25℃)
  • OPC (Oligonucleotide Purification Cartridge) 정제는 간이 컬럼 정제라고도 하며, 역상크로마토그래피 (reverse-phase chromatography) resin, Oligo R3가 충진된 column을 사용합니다. 합성이 끝난 Oligo는 정상적인 합성이 완료된 것과 coupling을 이루지 못해 capping된 불완전 산물이 혼합되어 있습니다.
    합성 마지막 단계에서 DMT기가 결합된 정상적으로 합성이 완료된 oligo는 DMT기의 소수성으로 OPC resin에 결합하게 되고 나머지 불완전한 산물 및 부산물들은 column을 통과해서 빠져나갑니다. 그 다음 oligo에서 DMT기를 떼어내는 과정을 통하여 resin으로부터 oligo를 회수하게 됩니다.
  • 50 mer 이상의 긴 oligo 합성시 고순도 oligo를 필요로 할 때 PAGE정제를 시행합니다. OPC 정제 산물을 PAGE (Polyacrylamide Gel Electrophoresis)로 전개하여 주밴드만 분리하는 정제법으로 90% 이상의 고순도 oligo를 확보할 수 있습니다. 정제 과정에서 손실이 많아 최종 수득량이 다소 적을 수 있습니다.
  • 50 mer 이하의 oligo 합성시 고순도 oligo를 필요로 할 때 RP-HPLC (Reverse-phase HPLC) 정제를 시행합니다. 기본 원리는 OPC와 유사하나, HPLC column을 사용하기 때문에 높은 분리능으로 90% 이상의 고순도 oligo를 확보할 수 있습니다. 특히 형광이 표지된 oligo 합성시 반드시 필요한 정제 공정입니다. 정제 과정상의 손실로 최종 수득량이 다소 적을 수 있습니다.
  • Oligo 합성 과정에서는 매 cycle당 약 0~2%는 coupling반응이 일어나지 않아 capping으로 제거됩니다. 따라서, oligo 길이가 길어지면 그만큼 합성 실패 percentage가 증가하게 됩니다. 99% 효율일 때 정상의 oligo와 잘못된 oligo의 혼합비율은 아래표와 같습니다.
    Percentage Yield of Full-length and Failed Oligo by Length
    Length(no. of bases) Product Failure
    10 91 9
    20 83 17
    50 61 39
    75 48 52
    100 37 63
    참고로 표에서는 전체 합성효율에 영향을 미칠 수 있는 다른 화학적 요소를 배제한 것으로, 대표적으로 purine계 염기 (특히 'A')에서 base가 떨어져 나가는 "depurination" 현상입니다.
    Depurination된 염기는 deprotection 단계에서 보통 제거되며 이를 "X elimination" 이라 합니다. Depurination의 비율은 매우 낮으나 올리고 길이에 따라 크게 늘어납니다.
  • G가 4개이상 반복되면 guanine tetraplex 형태로 aggregation 될 수 있기 때문에 합성에 어려움이 있습니다. G가 반복되는 oligo 합성시 PAGE 및 HPLC가 어려운 문제가 있기 때문에 OPC 정제를 권장합니다.
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